广西大学经济学院具有悠久历史，其源流可追溯到1937年成立的广西大学经济学系，中共“一大”代表、著名思想家、政治家、哲学家李达先生担任系主任。1997年，广西大学成立商学院，同步建设应用经济学与工商管理两个一级学科。2020年，根据《中国（广西）自由贸易试验区建设总体方案》等文件精神，广西壮族自治区政府支持并依托广西大学设立中国—东盟金融合作学院。2021年，广西大学为落实自治区人民政府关于办好中国—东盟金融合作学院的重要部署和要求，加强一流学科建设，经研究决定将应用经济学一级学科及相应本科专业划转中国—东盟金融合作学院，并成立经济学院。自治区人民政府批准的中国—东盟金融合作学院原有定位、职能、任务和支持政策不变，经济学院与中国—东盟金融合作学院合署，一套人马，两块牌子，按新机制、新办法运行。

 学院办学架构健全、体制创新、机制灵活。自治区政府成立中国—东盟金融合作学院建设联席会议，由自治区分管金融的副主席亲自担任召集人，自治区地方金融监管局、财政厅、教育厅、人民银行南宁中心支行、广西银保监局、广西证监局、南宁市政府和广西大学等单位作为联席会议成员，共同研究解决学院建设中面临的重大问题。中国—东盟金融合作学院理事会，由广西壮族自治区有关领导担任理事会主席，金融机构负责人和知名金融学家担任理事，为学院发展做出重要决策，提供有力支持。广西大学设立中共广西大学经济学院、中国—东盟金融合作学院委员会和中共广西大学经济学院、中国—东盟金融合作学院纪律检查委员会，实行党委领导下的院长负责制，负责管理学院日常运行。